成立于1937年，中国出版集团旗下，中国国有图书发行企业，发行网点遍及全国城镇
1937年4月24日，在延安成立新华书店，承担着党的书报刊出版发行任务。1940年，“延安新华书店”改名为“新华书店总店”。新中国成立之前新华书店总店与解放区新华书店分店共出版图书5291种(册)，发行图书报刊4亿余册。新华书店总店努力传播科学知识与进步理论，为夺取抗日战争和解放战争的伟大胜利，为新中国的建立起到了文化传播与精神推动的重要作用。
新华书店总店不同时期曾直属于领导机关。2002年4月，按照中央文化体制改革战略部署，新华书店总店成为组建中国出版集团的十二家重要成员单位之一。
新华书店总店为新中国的出版发行事业奠定了重要基础
1949年10月，全国新华书店出版工作会议作出《关于统一全国新华书店的决定》。1951年1月1日，新华书店总店作为全国新华书店的管理机构，对各地分、支店的人、财、物实行集中统一管理。新华书店从分散经营走向统一、集中，总店按照事业发展规划，在全国各地建立健全发行网点，规范经营管理制度。
1977年开始，新华书店总店根据中央部署，对经历“**”冲击的全国新华书店开展恢复整顿工作，在企业管理、业务恢复、队伍培训、发行体制改革、制度建设、创办全国书市(即现在的全国图书博览会)、制定全行业发展规划等方面做了一系列工作，全国新华书店发行网点、事业规模、职工队伍得到蓬勃发展。
新华书店总店为出版发行体制改革做出了有益的探索
1987年10月，新华书店总店转制成为中央一级图书发行企业。总店积极探索，调整业务及管理结构，进行了影响全行业的调整与探索。新华书店总店自身影响不断扩大，到2008年累计发行图书超过260亿元。
新华书店总店成功申请注册“新华书店”服务商标，牵头筹备成立“中国书刊发行协会”“中国新华书店协会”，使“新华书店”商标及品牌无形资产得到了有效的法律保护和应用，为国家出版发行事业发展做出了新的贡献。
总店历经多次国家出版物发行体制改革，逐渐失去了出版物总发行总经销的市场优势地位，承担总店图书发行主营业务的新华出版物流通公司资金链和业务链断裂。2008年4月，总店传统图书批发业务歇业。总店经历了由全国新华书店系统的分散到集中，又由集中到分散的跌宕起伏之路，总店事业也随之进入发展的低谷期。
2013年12月，在中宣部、中国出版集团关心下，总店新一届领导班子成立。新班子根据党和国家发展规划，结合总店实际，科学制定了“盘活存量资产，推进产业转型”的发展战略，明确了目标，理清了思路，规划了“中国新华发行网”“全国大中专教材采选系统”“新华文化创意产业园”等项目，坚持知难而进、改革创新、依法治企、发展为本，深化改革，努力推进产业转型，在复兴的道路上扬帆起航。
